承接上一部的剧情，因维德大军占领了地球，人类被迫转入地下。传奇飞行员瑞克·卡特早已隐退，衰老且意志消沉。但他发现，因维德女王正在利用地球上残存的史前能量矩阵来孵化一种能够腐蚀所有金属的生物武器。为了阻止人类彻底灭绝，瑞克必须回到他的老伙计——早已坠毁且长满荒草的 SDF-1 巨舰残骸中。他和一支由新兵组成的敢死队，计划重启战舰残骸中仅存的空间跳跃引擎，将 SDF-1 作为一枚超时空炸弹直接撞向因维德母舰。在这场不可能的任务中，他们不仅要面对蜂拥而至的因维德无人机，还要对抗被能量腐蚀的“幽灵”机甲。人类的命运，悬于一次疯狂的跳跃。
粉丝向的情怀大作，也是系列最悲壮的一章。机战场面在新技术下焕然一新，压迫感十足。瑞克·卡特的老年形象演绎了英雄迟暮的无奈与最后的荣光。结尾的集体牺牲与时空跳跃的悲壮效果，足以载入动画史册。
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